与其他运动康复治疗方式相似，体外冲击波疗法对于不同的肌肉损伤疗效不尽相同。鉴于肌肉损伤的病理生理学差异很大，治疗和预后肯定会有所不同。功能性肌肉损伤后如果立即使用体外冲击波疗法，对疼痛和肌肉紧张有更好的效果。治疗结构性肌肉或肌腱损伤时，可以限制体外冲击波治疗在其组织愈合的成纤维细胞和重塑阶段的使用，优先使用较低的能量，触发一氧化氮的释放，有利于其镇痛、血管生成和抗炎作用。